值得注意的是，隨著FMT療法被廣泛使用，「包括肥胖、糖尿病、自閉症、癌症、肺阻塞等FMT臨床試驗，也如雨後春筍般的展開。」他指出。
「糞菌叢植入不只讓微生物療法受到關注，這10年來，陸續有以微生物藥開發的新創相繼投入，並且獲得國際大藥廠如輝瑞、嬌生入資合作。」智璞產業趨勢研究所分析師申忠哲向本刊指出，這些藥企的選題同樣五花八門，除了困難梭菌或潰瘍性腸炎，還有帕金森、癌症（大腸癌/腦癌/肝癌）、糖尿病等。
不過，「安全性與一致性，是微生物新藥開發最大挑戰。」林口長庚醫院副院長邱政洵指出，糞便內微菌叢多且複雜，有好菌也有壞菌，2019年美國就曾發生過癌症病患使用FMT治療，因菌叢含有大腸桿菌導致敗血症，緊接著遇到Covid-19疫情，因新冠病毒恐透過糞便傳染，再讓微生物新藥市場由熱轉冷。
「直到疫情解封後的去年4月，食品巨頭雀巢與Seres針對困難梭菌所開發的口服藥Vowst獲得FDA通過上市，讓微生物藥重新掀起熱潮。」申忠哲說， Vowst這款藥在業界最大的突破，就是透過基因定序，從一批好壞菌的糞菌叢更精準篩出對抗困難梭菌的後壁門菌，通過FDA審查，更代表此藥經人體臨床實驗，在純化、定量、安全性符合新藥（CMC）規範，尤其體內的活菌效果不會因人而異，就有量產商化潛力，未來，困難梭菌患者未來不需在醫院植入治療，只要醫師開立處方簽，就可以在家服藥。
「相較於小分子藥物有抗藥性或副作用，微生物藥的活菌來源從人體自產，真的是非常環保。」邱政洵對微生物藥下了這樣註解。「活菌為主的微生物療法跟細胞治療類似，但細胞治療發展了2、30年，還沒有FDA通過的藥品，微生物療法在10年內就有新藥上市！」吳俊穎認為微生物新藥潛力可期。
根據市調，全球微生物藥在2023年僅2.7億美元，預計2029年達13.7億美元，年均複合成長（CAGR）率超過3成，但吳俊穎認為「明顯低估了」。 他大膽預測未來30年內，全球至少有1/3的現有藥物可由微生物藥取代。
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